Não apresenta grandes problemas de disponibilidade hídrica superficial em termos globais.

Dos 34 municípios da bacia, 5 apresentam índice de abastecimento de água abaixo de 80% e 23 possuem índice de perdas acima de 30%. Baixo índice de tratamento do esgoto doméstico, 25%.

Há riscos de rebaixamento acentuado da superfície do lençol subterrâneo na área urbana de São José dos Campos e uma área crítica com relação ao risco de poluição das águas subterrâneas na região de São José dos Campos, Taubaté e Pindamonhangaba.

Quanto aos resíduos sólidos domiciliares, 45% dos municípios estão em situação adequada ou controlada e 55% em situação inadequada.

O baixo índice de redução da carga orgânica de origem doméstica reflete-se no IQA somente aceitável do rio Paraíba do Sul, com intensificação dos problemas de toxicidade.

Processos de escorregamentos naturais ocorrem nos compartimentos serranos da Serra da Mantiqueira e da Serra da Bocaina.

Existe alta suscetibilidade a inundações em alguns afluentes do rio Paraíba do Sul nas áreas urbanas, e média suscetibilidade ao longo do rio.