UGRHI crítica em termos de disponibilidade hídrica superficial,. Depende da reversão do Alto Tietê para atender às demandas de sua porção central e combater o problema da intrusão salina. Uso consuntivo elevado.

Altos índices de poluição nas bacias dos rios Cubatão, Mogi e Quilombo, devido à forte descarga industrial, e em Jurubatuba devido aos efluentes domésticos. O índice de remoção de carga orgânica de origem doméstica está próximo a 50%. Excetuando-se o município de Santos, os demais tratam de forma incipiente seus esgotos.

Os nove municípios da UGRHI possuem índices de perdas no sistema de abastecimento acima de 30%.

Em 1998, 67% dos municípios e 74% da quantidade de resíduos sólidos domiciliares gerados enquadravam-se em condições de destinação final consideradas inadequadas.

A maior parte das Áreas de Proteção Ambiental situa-se nas escarpas da Serra do Mar.

Há processos erosivos por ravinamentos que ocorrem nas vertentes da Serra do Mar, onde se configuram áreas de deposição sedimentar.

Verifica-se baixa suscetibilidade a inundações ao longo da orla marítima e inundações asssociadas à maré no estuário do rio Cubatão e junto à foz do rio Branco em Itanhaém.