UGRHI crítica em termos de disponibilidade hídrica superficial, com probabilidade de escassez no futuro devido à alta demanda na irrigação, principalmente nas bacias dos ribeirões do Jardim e do Carmo. Há também o risco de poluição das águas subterrâneas na região de Franca e arredores.

A UGRHI possui sete do seus 22 municípios com índice de perdas no sistema de abastecimento acima de 30%.

Em 1998, 59% dos municípios depositavam os resíduos sólidos domiciliares gerados em instalações inadequadas, 32% em condições controladas e 9% em condições adequadas.

É alta a remoção da carga urbana de origem doméstica, 63%, em virtude de haver sistemas de tratamento nos municípios maiores. Verifica-se elevado potencial de carga orgânica industrial devido essencialmente ao setor sucroalcooleiro.

As ocorrências de erosão concentram-se nas cabeceiras do rio Sapucaí. O município de Franca é o mais crítico na área urbana.

Há alta suscetibilidade a inundações em trechos urbanos de alguns afluentes do rio Sapucaí-Mirim.