Bacia crítica em termos de disponibilidade hídrica superficial, com demandas elevadas devido à irrigação e ao setor sucroalcooleiro, principalmente no Alto Mogi e Jaguari-Mirim. Uso consuntivo elevado. Também apresenta criticidade com relação ao risco de poluição das águas subterrâneas na área de recarga do sistema aqüífero Guarani.

Dos 38 municípios, apenas um apresenta índice de abastecimento de água inferior a 80% e 23 com índice de perdas no sistema de abastecimento acima de 30%.

Em 1998, 43% dos municípios depositavam resíduos sólidos domiciliares em instalações inadequadas, 14% em condições controladas e 43% em condições adequadas.

A UGRHI apresenta baixo índice de remoção da carga orgânica de origem doméstica, 12%, em virtude de a maioria dos municípios não dispor de sistemas de tratamento. Somente cinco municípios tratam integralmente seus esgotos. Verifica-se alto potencial de carga orgânica industrial devido essencialmente ao setor sucroalcooleiro.

Os setores críticos relacionados à erosão são pouco expressivos em área. Devem ser efetuados estudos mais detalhados para os municípios de Descalvado e Pirassununga.

Há média suscetibilidade a inundações ao longo do rio Mogi-Guaçu e alta suscetibilidade em alguns de seus afluentes em trechos urbanos.

Apesar de possuir sete Unidades de Conservação, apenas 5% de sua área está preservada por vegetação nativa.