UGRHI prejudicada pela péssima qualidade das águas provenientes da Região Metropolitana, agravada pela contribuição dos rios Jundiaí e Capivari, inviabilizando a utilização do rio Tietê para abastecimento, irrigação, pesca etc.

UGRHI crítica em termos de disponibilidade hídrica superficial com demandas elevadas devido à irrigação, principalmente no Alto Sorocaba. Há conflitos de uso entre a irrigação e o setor industrial no Baixo Sorocaba/Tatuí. Uso consuntivo elevado. Também é crítica com relação ao risco de poluição das águas subterrâneas na área de recarga do sistema aqüífero Guarani, no município de Botucatu e arredores.

Cinco dos 34 municípios apresentam índice de abastecimento de água abaixo de 80% e 23 com índice de perdas no sistema de abastecimento acima de 30%.

Nela se encontra o trecho de 130 Km da Hidrovia Tietê-Paraná, entre Conchas e a barragem de Barra Bonita.

Em 1998 foram geradas 583 t/dia de lixo domiciliar, sendo 32% dispostas em condições inadequadas e 68% em condições controladas.

Há na UGRHI, em média, 12% de taxa de remoção da carga orgânica de origem doméstica. Verifica-se elevado potencial de carga orgânica industrial devido principalmente ao setor sucro-alcooleiro.

Criada recentemente, a APA Itupararanga visa proteger as águas do reservatório do mesmo nome, usado também para abastecimento doméstico.

Há alta suscetibilidade a inundações em trechos dos rios Sorocaba e Tietê, e média a alta suscetibilidade em afluentes do rio Tietê, principalmente junto a áreas urbanas.