Crítica em termos de disponibilidade hídrica superficial, a UGRHI apresenta demandas elevadas, devido à irrigação e ao setor sucro-alcooleiro, notadamente nas bacias do médio Jacaré-Guaçu e Ribeirão dos Lençóis.

A bacia possui 19 dos 34 municípios com índice de perdas no sistema de abastecimento acima de 30%.

Há riscos de rebaixamento acentuado da superfície do lençol subterrâneo nas áreas urbanas de Bauru e Araraquara. Área crítica com relação ao risco de poluição das águas subterrâneas, na região de Bauru, Araraquara, Brotas e arredores.

Na UGRHI encontra-se trecho de 140 Km da Hidrovia Tietê-Paraná, entre as barragens de Barra Bonita e Ibitinga.

Em 1998, 22% dos resíduos sólidos domiciliares gerados apresentavam condições inadequadas, 12% condições controladas e 66% condições adequadas.

A bacia apresenta baixo índice de tratamento de esgoto doméstico, 8%, com lançamentos "in natura" nos corpos d’água. Verifica-se alto potencial de carga orgânica industrial, devido essencialmente ao setor sucroalcooleiro.

A UGRHI é objeto de estudos visando a orientar medidas corretivas e preventivas de controle de erosão e assoreamento.

Apresenta média a alta suscetibilidade a inundações nas sub-bacias dos rios Jacaré-Guaçu e Jacaré-Pepira, com agravamento junto a áreas urbanizadas.