A UGRHI não apresenta problemas de disponibilidade hídrica superficial em termos globais; contudo, existem áreas que podem ser consideradas críticas, como no Baixo Itapetininga e Alto Taquari, devido principalmente às altas demandas para irrigação.

A UGRHI possui 15 dos 35 municípios com índice de perdas no sistema de abastecimento acima de 30%.

Apresenta área crítica com relação ao risco de poluição das águas subterrâneas na área de recarga do sistema aqüífero Guarani, nos municípios de Angatuba, Paranapanema e arredores.

Em 1998, 87% dos resíduos sólidos domésticos gerados continuavam em condições inadequadas, 11% apresentavam condições controladas e 2% condições adequadas.

É baixo o índice de remoção da carga orgânica de origem doméstica, 30%. Os maiores municípios não tratam seus esgotos urbanos.

Na bacia do Alto Taquari, além do déficit hídrico, a qualidade é apenas aceitável, refletindo-se no IQA do rio Itararé. Há problemas de fenóis, com origem possivelmente nas indústrias do Estado do Paraná, refletindo no IQA.

O alto índice de mortalidade infantil, até o ano 1997, 1,64/1000, é reflexo da inexistência de saneamento básico em alguns municípios da UGRHI.

Apesar de ser a maior UGRHI do Estado, apresenta baixa concentração de erosão.

Há média suscetibilidade a inundações em trechos dos rios Itapetininga, Paranapa-nema e em alguns afluentes deste rio, e também em pontos localizados nas áreas urbanas das cabeceiras da bacia.