A UGRHI apresenta problemas de disponibilidade hídrica superficial localizados em áreas que podem ser consideradas críticas, como nos ribeirões Bonito/Patos e da Onça, nos córregos Jataí e Comprido e nos rios Cachoeirinha e Alto Turvo, devido principalmente às altas demandas para irrigação.

Dos 64 municípios da UGRHI, há apenas um com índice de abastecimento de água abaixo de 80% e 21 com índice de perdas no sistema de abastecimento acima de 30%.

Há riscos de rebaixamento acentuado da superfície do lençol subterrâneo na área urbana de São José do Rio Preto.

Em 1998, das quantidades geradas de resíduos sólidos domésticos, 37% continuavam em condições inadequadas, 57% apresentavam condições controladas e 6% condições adequadas.

Há, na UGRHI, baixo índice de remoção da carga orgânica de origem doméstica, 17%. Seus maiores municípios apresentam pouco ou nenhum tratamento de esgoto. Verifica-se alto potencial de carga orgânica industrial, devido essencialmente ao setor sucro-alcooleiro.

Grande parte da área da UGRHI está comprometida pela erosão, concentrando-se principalmente nas áreas urbanas.

Com duas Estações Ecológicas, só 5% da área são protegidos por vegetação nativa.

Verifica-se alta suscetibilidade a inundações ao longo do rio São Domingos, na extensão do trecho urbano do córrego Rio Preto, e média suscetibilidade ao longo do rio Turvo.