A Bacia Hidrográfica tem cerca de 15% de sua área protegida por legislação especial. Abriga quatro Estações Ecológicas com Florestas estacionais semidecíduas e formações do cerrado, sendo importante local de reprodução e alimentação de rica fauna silvestre.

Possui ainda, importante área de Mata Atlântica protegida pelo Parque Estadual Intervales e pelo Parque Estadual de Carlos Botelho (Secretaria do Meio Ambiente, 1998).

Levantamentos da flora relacionam 257 (duzentas e cinquenta e sete) espécies, onde se destacam espécies das famílias Myrtaceae, Fabacear, Lauraceae, Euphorbiaceae, Rutaceae, Rubiaceae, Mimosaceae e Caesalpinaceae.. Na Estação Ecológica de Itabera ocorrem o pinheiro do Paraná e a canela.

Animais silvestres ameaçados de extinção como o lobo-guará, o tamanduá-bandeira, o tamanduá-mirim, o tatu, o jaguatirica, o veado-campeiro, o canário-da-terra, o tangará e o sanhaço, vivem na Estação Ecológica.

Em relação a aves não há levantamento para toda a UGRHI, mas a presença de mata de araucária sugere a presença de 111 (cento e onze) espécies, a mata mesófila 248 (duzentas e quarenta e oito) espécies e 150 (cento e cinqüenta) para o cerrado (Silva, 1998).