Em relação aos sistemas de tratamento de esgotos domésticos, os índices de tratamento apresentam melhoras em suas características, principalmente pelo fato de Itapetininga, a maior cidade da bacia, estar tratando 100% dos seus esgotos coletados. Mas ainda há problemas com municípios que não dispõem de sistemas de tratamento, casos de Itapeva, Piraju, Guareí e outras.
No quadro seguinte é apresentado um resumo desse panorama.
| Municípios | Concessão | Tratam.% | Tratam.% | Carga poluidorakgDBO/dia | Corpo receptor | ||
| 2001 | 2004 | Potenc. | Reman.2001 | Reman.2004 | |||
| Angatuba | SABESP | 100 | 100 | 715 | 212 | 160 | Rib. Grande |
| Arandu | SABESP | 100 | 100 | 217 | 50 | 57 | Córr. do Barreiro |
| Barão de Antonina | SABESP | 0 | 0 | 89 | 89 | 89 | Água dos Pedrocas |
| Bernardino de Campos | SABESP | 100 | 100 | 503 | 101 | 101 | Córr. Dourado e Douradão |
| Bom Sucesso de Itararé | SABESP | 0 | 0 | 105 | 105 | 105 | Córr. Bom Sucesso |
| Buri | SABESP | 100 | 100 | 739 | 148 | 230 | Rib. Sta. Luzia/Rio Paiaí Grande |
| Campina do Monte Alegre | SABESP | 100 | 100 | 224 | 102 | 75 | Córr. da Cruz |
| Capão Bonito | SABESP | 100 | 100 | 1975 | 632 | 442 | Rib. do Poço |
| Cerqueria César | PM | 100 | 705 | 169 | Rio Três Ranchos | ||
| Coronel Macedo | SABESP | 100 | 100 | 216 | 69 | 45 | Rib. do Lajeado |
| Fartura | SABESP | 100 | 100 | 614 | 123 | 138 | Rio Fartura |
| Guapiara | SABESP | 0 | 0 | 407 | 407 | 407 | Rib. São José Guapiara |
| Guareí | SABESP | 0 | 0 | 328 | 328 | 328 | Rio Guareí |
| Ipaussu | SAAE | 0 | 0 | 596 | 596 | 596 | Rio Paranapanema |
| Itaberá | SABESP | 100 | 100 | 596 | 196 | 167 | Rib. das Lavrinhas |
| Itaí | SABESP | 10 | 10 | 913 | 840 | 841 | Rib. dos Carrapatos |
| Itapetininga | SABESP | 1 | 100 | 6036 | 5989 | 1497 | Córr. Cavalo e Carrito |
| Itapeva | SABESP | 0 | 0 | 3290 | 3290 | 3290 | Córr. Aranha/Rib. Pilão D’Água |
| Itaporanga | SABESP | 100 | 100 | 534 | 175 | 111 | Rio Verde |
| Itararé | SABESP | 0 | 0 | 2310 | 2310 | 2310 | Córr. da Pedra |
| Manduri | SEMAN | 0 | 0 | 343 | 343 | 343 | Córr. Lajeadinho |
| Nova Campina | SABESP | 100 | 100 | 209 | 42 | 55 | Rib. Taquari Mirim |
| Paranapanema | SABESP | 0 | 100 | 629 | 629 | 181 | Represa Jurumirim |
| Pilar do Sul | SABESP | 2 | 100 | 944 | 931 | 211 | Rib. do Pilar |
| Piraju | SABESP | 0 | 0 | 1311 | 1311 | 1311 | Rio Paranapanema |
| Ribeirão Branco | SABESP | 94 | 100 | 485 | 295 | 171 | Rib. Branco |
| Ribeirão Grande | SABESP | 100 | 100 | 126 | 69 | 30 | Córr. Ribeirão Grande |
| Riversul | SABESP | 100 | 100 | 272 | 126 | 67 | Rib. Vermelho |
| São Miguel Arcanjo | SABESP | 96 | 100 | 970 | 322 | 256 | Córr. S. Miguel Arcanjo |
| Sarutaiá | SABESP | 100 | 100 | 152 | 43 | 38 | Córr. do Barranco |
| Taguaí | SABESP | 100 | 100 | 345 | 69 | 72 | Rio Fartura |
| Taquarituba | SABESP | 4 | 100 | 990 | 958 | 261 | Rib. do Lajeado |
| Taqurivaí | SABESP | 100 | 100 | 123 | 39 | 48 | Córr. Sem Nome |
| Tejupá | PM | 0 | 0 | 147 | 147 | 147 | Córr. da Pedra Branca |
| Timburi | SABESP | 0 | 0 | 98 | 98 | 98 | Rib. Retiro |