1.2.6.- Biodiversidade
A Bacia Hidrográfica tem cerca de 15% de sua área protegida por legislação especial. Abriga quatro Estações Ecológicas com Florestas estacionais semidecíduas e formações do cerrado, sendo importante local de reprodução e alimentação de rica fauna silvestre.
Possui ainda, importante área de Mata Atlântica protegida pelo Parque Estadual Intervales e pelo Parque Estadual de Carlos Botelho (Secretaria do Meio Ambiente, 1998).
Levantamentos da flora relacionam 257 (duzentas e cinquenta e sete) espécies, onde se destacam espécies das famílias Myrtaceae, Fabacear, Lauraceae, Euphorbiaceae, Rutaceae, Rubiaceae, Mimosaceae e Caesalpinaceae. Na Estação Ecológica de Itabera ocorrem o pinheiro do Paraná e a canela.
Animais silvestres ameaçados de extinção como o lobo-guará, o tamanduá-bandeira, o tamanduá-mirim, o tatu, o jaguatirica, o veado-campeiro, o canário-da-terra, o tangará e o sanhaço, vivem na Estação Ecológica.
A ÁREA DE PROTEÇÃO AMBIENTAL CORUMBATAÍ, BOTUCATU E TEJUPÁ, está parcialmente localizada na Bacia do Alto Paranapanema.
O perímetro de Tejupá abrange os Municípios de Tejupá, Timburi, Fartura, Piraju, Taguaí, Taquarituba, Barão de Antonina e Coronel Macedo com 158.258 ha. Abriga significativos remanescentes da vegetação de cerrado e da fauna nativa. Matas ciliares e pequenos fragmentos da mata mesófila ainda podem ser encontrados.
Levantamento de pulgas (Siphonaptera) mostram que o Município de Itapetininga possui 7,4% das espécies que ocorrem no Estado de São Paulo (Linardi, 1977) sendo uma nova para a ciência, Neotropsylla guimaraesi só conhecida da localidade onde foi descrita.
Em relação a aves não há levantamento para toda a UGRHI, mas a presença de mata de araucária sugere a presença de 111 (cento e onze) espécies, a mata mesófila 248 (duzentas e quarenta e oito) espécies e 150 (cento e cinqüenta) para o cerrado (Silva, 1998).